认定本罪的关键是划清罪与非罪的界限。首先，从行为的侵害对象来看。本罪侵害的对象是国家保护的珍贵文物或者被确定为国家重点文物保护单位、省级文物保护单位的文物。所谓文物，按照《文物保护法》的规定，是指：
(1)具有历史、艺术、科学价值的古文化遗址、古墓葬、古建筑、古窟寺和石刻;
(2)与重大历史事件、革命运动和著名人物有关的、具有重要纪念意义、教育意义和史料价值的建筑物、遗址和纪念物;
(3)历史上各时代珍贵的艺术品、工艺美术品;
(4)重要的革命文献资料以及具有历史、艺术、科学价值的书稿、古旧图书资料等;
(5)反映历史上各时代、各民族社会制度、社会生产、社会生活的代表性实物。
此外，具有科学价值的古脊椎动物化石和古人类化石同文物一样受国家的保护。根据《文物藏品定级标准》，文物分为三个等级，一、二级藏品的文物均为珍贵文物，三级文物经国家文物部门依法定程序鉴定确认为有重大历史、科学、艺术价值的，也属于珍贵文物。另外，我国文物保护单位分为国家重点文物保护单位、省级文物保护单位和县(市)级文物保护单位三级。因此，不属于珍贵文物的三级文物以及县(市)级文物保护单位的文物就不能成为本罪的犯罪对象。损毁它们自然不成立本罪。其次，从行为人的主观方面来看。行为人明知自己的行为会使珍贵文物或者国家、省级文物保护单位的文物受到损毁，希望或者放任文物被损毁的结果的发生。如果行为人不知所损毁的文物是国家保护的珍贵文物或被确定为国家重点文物保护单位、省级文物保护单位的文物时，不成立本罪。认定行为人是否明知，可以从行为人的行为目的、行为动机和行为过程中所表现出的样态等方面综合判断。人的主观方面来看。行为人明知自己的行为会使珍贵文物或者国家、省级文物保护单位的文物受到损毁，希望或者放任文物被损毁的结果的发生。如果行为人不知所损毁的文物是国家保护的珍贵文物或被确定为国家重点文物保护单位、省级文物保护单位的文物时，不成立本罪。认定行为人是否明知，可以从行为人的行为目的、行为动机和行为过程中所表现出的样态等方面综合判断。