两罪的客体是相同的，即国家的统一;两罪的目的也是相同的，即分裂国家。但它们有明显的区别，一是实施的行为不同，本罪是煽动行为，后罪是组织，策划、实施分裂的行为;二是犯罪形式不同，本罪是任意共同犯罪，即单个人即可构成，后罪是必要共同犯罪，只能以共同犯罪形式存在;三是犯罪故意的内容不同，本罪是煽动的故意，后罪是组织、策划、实施的故意;四是犯罪主体虽都是一般主体，但在实施中是有所区别的。本罪的实行者多为民族分裂主义分子，后罪的实行者则多是窃据重要地位的政界要人，当然也包括民族分裂主义分子。
虽然两罪都实行了煽动行为，方式也基本相同，而且同属一类犯罪，但它们有如下主要区别:一是犯罪行为的内容不同，本罪是煽动分裂国家，即一分为二或一分为多，后罪是煽动覆灭现存政权，另立新政权。二是犯罪故意和犯罪目的不同，这一点从上述区别中即可看出。三是犯罪客体不同。本罪的客体是国家统一，后罪客体是人民民主专政及社会主义制度。国家统一主要是各民族感情和爱国主义的问题，后者主要是政治理想、政治信念的问题。
一是客体不同，本罪客体属国家安全的范畴，后罪的客体则是民主权利的范畴。二是行为内容不同，从两罪的罪名中就有明确表现。三是犯罪目的不同。本罪的成立必须具有分裂国家的目的，后罪的成立不要求有特定的犯罪目的。