区分罪与非罪的界限，要注意：构成本罪，要求聚众扰乱公共场所秩序、交通秩序，抗拒、阻碍国家治安管理人员依法执行职务，情节严重三个条件同时具备，且行为人必须是首要分子。缺少其中的一项，情节较轻，或者属于一般参与者，则属于一般违反治安管理行为，不构成本罪。如某地村民因该村对京福高速公路征地补偿分配和耕地调整的方案未能实施产生不满情绪，企图以扩大事态的方式使问题以解决。2001年3月7日，该村村民张氏兄弟故意煽动指挥村民拦堵大桥、国道，致使几百名村民聚集到涌溪大桥、国道205线上设置障碍堵塞交通，造成涌溪大桥、国道205线交通中断达两个多小时，被堵车辆1100余辆及发生攻击维持秩序的公安民警，致多名民警受伤的结果，严重破坏了正常的交通秩序。本案中张氏兄弟作为事件的首要分子，纠集村民扰乱交通秩序，抗拒、阻碍国家治安管理人员依法执行职务，情节严重，已构成聚众扰乱交通秩序罪，后被法院分别判处有期徒刑3年。
本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限。两者的相同点是：从客观方面看，两者的乱行为都是聚众进行的;主观上，都是出于故意，而且都以某种借口，意图通过聚众扰乱活动来对有关部门施加压力，以实现自己的某种要求，情节要求上，都要求“情节严重”才能构成犯罪。两者的主要区别是：一是犯罪行为发生的场所不同。本罪发生在车站、码头、公园、运动场、展览会、影剧院等公共场所或者交通要道等人员集结和通行的地方;而扰乱社会秩序罪发生的场所一般在机关、单位、团体的门前、院内。二是侵犯的直接客体不同。本罪侵犯的直接客体是公共场所秩或者交通秩序;而扰乱社会秩序罪侵犯的直接客体是机关、单位团体的生产、工作、营业和教学、科研的秩序。三是对犯罪主体的具体要求不同。本罪的主体仅限于首要分子;而扰乱社会秩序罪的主体则即有首要分子，又有其他积极参加者。