1、主体要件不同。本罪的主体为特殊主体，即股份有限公司的发起人，股份有限公司、有限责任公司及企业;而诈骗罪的主体为一般主体，主要是社会上一些不法分子打着公司的旗号，虚构公司或者假冒其他公司实施的。
2、客观方面不同。本罪主要是通过制作虚假的招股说明书、认股书、公司、企业债券募集办法来欺诈他人，而发行股票和债券往往是经过有关部门批准的;诈骗罪发行股票、债券是非法的，未经有关部门批准的，所谓招股说明书、认股书、公司、企业债券募集办法纯属伪造虚构的。
3、两罪主观上都是故意的，但故意内容和犯罪目的是不同的，诈骗罪的目的是非法占有他人财物，而非通过制作虚假的文件来发行股票和公司、企业债券募集资金。
4、客体也是不同的，诈骗罪侵犯是公私财产所有权，而本罪主要是侵犯了证券发行的管理秩序。
本罪与集资诈骗罪都实施了欺骗他人的行为，但二者的区别是明显的，表现在： (1)犯罪主体不同。本罪主体为特殊主体：即股份有限公司的发起人，股份有限公司、有限责任公司和企业;而集资诈骗罪的主体则为一般主体，主要是社会上一些不法分子打着公司的旗号，虚构公司、企业或假冒公司、企业实施的。
(2)主观方面不同。两罪虽然在主观上均为故意，但其内容和目的有所不同。本罪有虚假发行股票或公司、企业债券的故意和非法募集资金的目的，而非法募集资金是由于筹建公司、企业或公司、企业本身的业务发展，不具有非法占有的目的;而集资诈骗罪则有非法占有他人财产的目的。即行为人具有将非法聚集的资金据为己有的目的。
(3)侵犯的客体不同。本罪侵犯的是股东、债权人及社会公众的利益和国家的证券市场管理制度;而集资诈骗罪侵犯的是公私财产所有权和国家金融管理制度。
(4)客观方面不同。本罪是违反公司法的规定，是在公司发行股票或公司、企业发行债券的领域内犯罪，即以虚假方法制作虚假的招股说明书、认股书、公司、企业债券发行办法来欺诈他人，发行股票、债券一般是通过有关部门审批后进行的;而集资诈骗罪可以采取多种方法，其行为人发行股票、债券是未经有关部门批准而非法发行的。
擅自发行股票、公司、企业债券罪是指未经公司法规定的有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的行为。两罪的共同点在于都违反公司法的规定，都侵犯了国家对证券市场的管理制度以及投资者、股东、社会公众和债权人的利益、主观上也都出于故意，但两罪仍有明显区别，表现在：
(1)主体不同。本罪主体为特殊主体，即公司发起人，股份有限公司、有限责任公司或企业;而擅自发行股票、债券罪的主体是一般主体、凡达到刑事责任年龄并具备刑事责任能力的自然人或单位均可构成该罪主体。
(2)客观方面不同。本罪行为人是以制作虚假的招股说明书、认股书、公司、企业债券发行办法并且一般是经过主管部门批准而发行股票、债券;而擅自发行股票、公司、企业债券罪是未经批准而发行股票、债券，即行为人发行股票、债券的行为在程序上不合法，本身不具有制作虚假募资文件的欺诈性、强调的是未经审批的擅自发行股票、债券行为。如果行为人既实施了擅自发行股票、债券行为，又采用制作虚假的招股说明书、认股书、公司、企业债券募集办法发行股票或公司、企业债券的，对此，应从其中一罪从重处罚，不实行数罪并罚。