后罪是新刑法上本章即破坏经济秩序罪专章中妨害公司、企业管理秩序罪专节中所规定的犯罪。二罪的主要联系点在于，两者都有诈欺认购人的主观故意；所发行的股票、公司、企业债券都有虚假性。其主要区别点在于，(1)犯罪主体要求不同。本罪不是身份犯，任何人都能成立为本罪主体；后罪在法人犯罪的场合属身份犯：其行为主体只能是有资格发行股票、公司债券的特定主体。(2)行为要件不同。本罪行为人所实施的是未经法定机构批准而发行股票、公司债券的行为；后罪行为人所实施的则是制作虚假的招股说明书、认股书或公司债券募集办法等行为。(3)犯罪对象不同。本罪的行为对象是股票、公司、企业债券；而虚假发行股票债券罪的行为对象则是招股说明书、认股书和公告的公司债券募集办法等。(4)诈欺的对象范围不同。本罪行为人所诈欺的对象既包括国家证券发行管理机关又包括社会公众；后罪的诈欺对象主要是广大认购股票、公司、企业债券的社会公众或国家授权投资的机构。(5)犯罪所侵犯的二级同类客体不同。(5) 本罪所侵犯的二级同类客体是国家金融管理秩序，后罪所侵犯者却是公司、企业的管理秩序。
后罪是由新刑法本章金融诈骗罪专节所规定的。后罪场合，行为人往往利用非法发行股票、债券的办法来搞假集资、真诈骗。此种场合，二罪的主要区别在于：
(1)主观犯意和目的不同。本罪行为人是以诈骗的方法来集资；后罪行为人则是以集资的方法来诈骗。这是区分二罪的本质点。因而本罪行为人虽有非法发行及非法牟利的目的，却没有纯粹的“非法占有”的目的；后罪行为人的行为目的却绝非仅止于非法牟利，而是非法占有。亦即后罪行为人的犯意在于一俟以集资手法诈骗钱款到手，即便逃之夭夭。因而，假如行为人以非法手段发行股票、债券后，即便全盘非法占有，从未打算偿还其“股本、股息”（即便是假股票、假债券），则应认定为集资诈骗罪而非本罪。
(2)犯罪数额要求不同。本罪要求擅自发行公司股票、债券“数额巨大”（或后果严重或有其他严重情节）者，方能构成刑事犯罪，否则应属行政违法行为；集资诈骗罪则不然 ---但凡为了非法占有而非法集资数额“较大”者，即便成立该罪，应根据该罪的第一量刑单位给予刑事处分。而若集资诈骗者诈骗数额达到“巨大”者，则属新刑法上对该罪所规定的数额加重犯情况，应按其相应的处断刑处罚，而不能据此认定为本罪。