其区别在于：
1、客观表现不同。假传军令罪是行为人传达或发布经过伪造或篡改的命令，只能表现为积极的行为，违抗作战命令罪则是拒不执行上级的作战命令，一般表现为不作为；拒传军令罪，也表现为不作为，即拒绝达军事命令。但拒传军令罪的行为人拒绝的是对军事命令的传达，而违抗作战命令罪拒绝的是对军事命令的执行。
2、主体要件不同。本罪的主体是负有传达命令职责和发布命令职权的军职人员，而违抗作战令罪的主体，是接受命令的下级部属人员。
这两种犯罪都有编造事实，致使军心混乱的情况，二者的区别在于：
1、在主观方面，战时造谣惑众罪往往是行为人在作战能力和作战结果上，夸大敌人贬低自己，目的在于动摇军心；假传军令罪则是编发虚假命令，其目的在于破坏作战部署，但从后果看，当然有涣散部队斗志的情况发生。
2、主体方面，构成战时造谣惑众罪的主体，可以是任何参战人员的军职人员，而假传军令罪的主体一般是参战人员中负有传达命令职责和发布命令职权的人，是军人中的特殊主体。