使用放火、爆炸的手段破坏交通工具的安全与放火罪、爆炸罪犯罪手段相同，而且都危害公共安全。其主要区别在于，前者的犯罪对象是正在使用的火车、汽车、电车、船只、航空器等交通工具，放火罪、爆炸罪侵害的对象则是上述交通工具以外的其他公私财物和不特定多数人的人身和财产安全。为了保证交通运输安全，本法将正在使用的交通工具作为特殊保护对象加以规定，因此行为人无论采用何种手段破坏交通工具，只要足以使之发生倾覆、毁坏危险，因而危害交通运输安全，均以破坏交通工具罪论处。如果行为人使用放火、爆炸的手段破坏未交付使用的交通工具，则应以放火罪或爆炸罪定罪。
实践中发生的出于盗窃目的破坏交通工具的案件，易于同由于盗窃交通工具的设备、一般部件等构成的盗窃罪相混淆。区分两者的关键在于破坏的对象和侵犯的客体不同。前者行为人以盗窃为目的，破坏的是正在使用的交通工具的重要装置和部件，足以造成交通工具倾覆、毁坏危险，因而侵犯了交通运输安全，应以破坏交通工具罪论处。后者行为人出于盗窃的目的，毁坏的是非使用中的交通工具，或者交通工具的一般设备。因为这类交通工具未承担运输任务，破坏部位不影响交通工具安全行驶，因而对交通运输安全无现实危险性。其侵犯的客体只能体现为公私财产的所有关系。鉴于这种案件行为人秘密窃取交通工具的设备、部件，大多不是信手拈来，盗窃目的往往需要实施拆卸等破坏行为才能实现。这样盗窃行为和毁坏公私财物的行为就发生牵连关系，根据对牵连犯按一重罪处理的原则，对这种案件应视情节，定为盗窃罪或故意毁坏财物罪。