区分两者的关键在于危害后果的严重程度不同。构成教育设施重大安全事故罪，必须发生重大伤亡事故。如果没有发生重大伤亡事故，只发生一般伤亡事故的，则不成立教育设施重大安全事故罪，只能以一般教育设施安全事故论处。
两者都是过失犯罪，都以发生严重后果，作为构成犯罪的必要条件。但两者的区别在于：
（1）犯罪主体不同。教育设施重大安全罪主体只能是对校舍或者教育教学设施负有采取安全负责的主管人员和其他直接责任人员；工程重大安全事故罪是单位犯罪，其犯罪主体是建设单位、设计单位、施工工程监理单位。
（2）造成严重事故的原因不同。教育设施重大安全事故罪中重大伤亡事故的发生是由于行为人对自己明知的或教育教学设施存在的危险，不采取措施或者不及时报告，以致贻误时机，致使发生严重事故；工程重大安全事故罪中的重大安全事故发生的原因是建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位，降低工程质量标准造成的。