判定一种阻碍军务的行为是否构成犯罪，一是要看行为人主观上有无故意阻挠军人执行职务的目的。如果属于对军人发牢骚、讲怪话、态度生硬，或者仅有一般嘲讽、辱骂，甚至轻微的顶撞行为，行为人并不希望对方停止、变更、放弃执行职务结果发生的，不应以犯罪论处；二是看客观上行为人是否实施了暴力、威胁手段，是否因此发生了军人停止、放弃、变更执行职务或无法执行职务的后果。如果行为人虽然实施了某种阻挠行为，但只是军人正常执行职务，或者对方虽然出现了停止、放弃、变更执行职务或者无法执行职务的结果，但与行为人的行为并无必然的因果关系，也不应以犯罪论处。
应当按想象竞合犯处罚原则处理，即对行为人从一重罪处断。
走私人员以暴力、威胁方法阻碍边防军人依法缉私的，应对行为人按走私罪与阻碍军人执行职务罪数罪处罚。
两罪在主观心理状态方面是相同的，都是基于故意；在客观方面都是以暴力和威胁方法为犯罪手段，实施了阻碍执行职务的行为。二者主体相同。都是一般主体，即可以是任何达到法定刑事责任年龄、具有刑事责任能力的人。其区别主要在于侵害的客体不同。阻碍军人执行职务罪侵害的客体是军职任务的正常执行活动，侵害的对象是军人；妨害公务罪侵害的客体是社会管理秩序，侵害的对象是国家工作人员。
阻碍军人执行职务罪与扰乱社会秩序罪的行为人在主体、主观心态、客观表现方式方面有相似之外，但也有明显的区别：(1)侵害的客体不同。前者侵害的客体是军人的正常执行职务活动，是国防利益，后者则是社会秩序。(2)侵害的对象不同。前者侵害的对象，必须是军人，后者则是针对特定的机关、单位等。(3)犯罪手段不尽相同。前者是使用暴力、威胁方法，后者的犯罪手段则是多种多样的，如暴力袭击、强行侵占、冲击、哄闹等。(4)犯罪结果不同。前者不一定造成具体的危害结果，而后者必须是情节严重，使国家、军队、社会道受严重损失的，才构成犯罪。
阻碍执行军事职务罪，是指以暴力、威胁方法阻碍指挥人员或者值班、值勤人员执行职务的行为。两罪侵犯的直接客体相近为国防利益、军事利益，犯罪行为、主观方面相同，其主要区别是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是所有依法执行职务的军人，而后者的犯罪对象仅指依法执行职务中的指挥人员和值班、值勤人员。