1、擅离军事职守罪侵害的是军队的指挥和值班、值勤秩序，行为人所违反的是指挥和值班、值勤人员的特殊职责要求，而逃离部队罪侵害的是兵役秩序，行为人所违反的是现役军人依法服兵役的职责要求。
2、擅离军事职守罪只能发生在指挥和值班、值勤过程中，行为人离开了特定的岗位，而且造成了严重后果，但并不要求行为人离开了部队，而逃避部队罪可以发生在任何时候，行为人必须离开部队，但并不要求客观上造成了严重后果。
3、擅离军事职守罪的主体是指挥人员和值班、值勤人员，而逃离部队罪的主体是任何现役军人。
4、擅离军事职守罪是过失犯罪，而逃离部队罪是故意犯罪。
行为人在担负指挥工作或者在值班、值勤时逃离部队的，从形式上看只实施了一个逃离部队的行为，实际上他是先实施了擅离职守的行为，而后又实施了逃离部队的行为。因此，其前后两个行为如果分别构成擅离军事职守罪和逃离部队罪的，则应实行数罪并罚。
这两种犯罪在脱离岗位不履行职责上有相似之处，但构成要件有所不同。后者没有犯罪主体的限制，而前者限定为指挥人员和值班、值勤人员；后者限定为战时，前者平时也可以构成，战时则是加重处罚的条件；后者不要求造成具体的危害后果，前者必须造成严重后果；后者是故意犯罪，前者是过失犯罪。如果在具体案件中出现犯罪竞合现象，如指挥人员或者值班、值勤人员面临战斗任务时而逃离岗位，应按处理想象竞合犯的原则，以较重的罪名战时临阵脱逃罪定罪处罚。