(一)本罪与非罪的界限
操纵证券、期货交易价格罪属于情节犯，即以“情节严重”作为其成立的必要构成要件。如果行为人在客观上虽然实施了操纵证券、期货交易价格行为，在主观上也确实出于直接故意，但是全案情节并未达到严重的程度，其行为不构成犯罪，只属于证券、期货市场中一般的违法行为。相对来说，违法的操纵行为的社会危害程度要小一些，只有那些危害社会程度较大，达到非以刑罚加以惩治程度即达到“情节严重”的操纵行为才构成操纵证券、期货交易价格罪。至于全案情节是否严重，一般可从以下几方面加以考虑：1、行为人人身危险性程度，即行为人是初犯、偶犯，还是常犯、累犯;2、行为人行为的结果状况，即行为人实际谋取利益或避免损失的数额大小，破坏证券、期货市场秩序的实际情况和不利影响是否严重、恶劣;3、行为人实施操纵证券、期货市场行为的具体手段、方式及其实施操纵证券、期货市场行为的次数。行为人的操纵行为没达到“情节严重”的，只对行为人追究其相应的行政责任或民事责任。
此外，操纵证券、期货交易价格行为在实际生活中异常复杂，有时与合法行为相交错混合同时进行，有时以合法交易行为作为掩盖。这样要求司法机关要严格掌握操纵证券、期货交易价格罪的基本构成要件，将操纵交易价格行为与合法交易行为区分开来。
(二)本罪与诱骗投资者买卖证券、期货合约罪的界限
操纵证券、期货交易价格行为影响证券市场的正常价格，制造证券、期货市场假象，诱导或者致使投资者在不了解事实真相的情况下作出投资决定，而诱骗投资者买卖证券、期货合约罪是指行为人故意提供虚假信息，伪造、变造或者销毁交易记录，诱骗投资者买卖证券、期货合约，造成严重后果的行为。显然，操纵证券、期货交易价格罪与诱骗投资者买卖证券、期货合约罪都包含着有关证券投资者在不真实情况的诱导下可能或实际作出不符合本人意愿的证券交易行为，因而存在着一定的联系。两罪存在着以下区别：1、主体不同，前者属于一般主体，即达到刑事责任年龄、具备刑事责任能力的人，大多数为证券、期货投资者或从事证券发行，证券、期货交易及其相关活动的人，而后者为特殊主体，即证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司的从业人员和证券业协会、期货业协会或者证券期货监督管理部门的工作人员。2、客观方面不同，前者是行为人通过实施操纵市场行为来影响证券、期货交易价格，制造虚假证券、期货行情，诱使其他投资者参与证券、期货交易，从而从中谋利，而后者是行为人通过提供虚假信息、伪造、变造或者销毁交易记录，诱骗投资者买卖证券、期货合约。可见，一方面，两者的诱因不同，前者是不正常的证券、期货行情，后者是虚假信息或不真实的交易记录，另一方面，被骗者的主观过错存在着差别，前者的诱骗具有间接性，后者的诱骗具有直接性，因此，前者的被骗者的主观过错程度要高些，相应地承担更大的责任。