在司法实践中处理医疗事故案件时，关键在于区分罪与非罪的界限。具体表现为区分以下界限。
1、医疗事故罪与医疗差错的界限
医疗差错，是指在诊疗护理工作中，医务人员虽有违反规章制度、诊疗护理常规的失职行为或技术过失，但未给就诊人造成死亡、残废、组织器官损伤导致功能障碍的不良后果的行为。医疗差错，从产生的原因区分，可以分为医疗责任差错和医疗技术差错。其中，医疗责任差错与医疗事故罪容易混淆，二者都表现为医务人员在诊疗护理工作中不负责任，违反规章制度或诊疗护理常规的行为。区别在于所造成的后果不同。前者未造成就诊人死亡、残废、组织器官损伤导致功能障碍的不良后果;后者则造成了就诊人死亡或身体健康严重损害的后果。对于医务人员由于严重不负责任，造成医疗差错的，不能以医疗事故罪论处。
2、医疗事故罪与医疗意外的界限
医疗意外，是指由于病情或者病人体质特殊而发生难以预料和防范的不良后果。它与医疗事故罪都可能发生就诊人死亡或身体健康严重损害的后果，二者区别的关键在于主观上有无过失。如果就诊人死亡或身体健康严重损害，是因医务人员责任心不强，违反规章制度或诊疗常规造成的，则构成医疗事故罪，如上述后果是因医务人员难以预料或难以防范的因素所引起，由属于医疗意外，不能以犯罪论处。医疗意外与医疗事故罪中的疏忽大意过失颇为相似，二者不但都发生了严重后果，而且对严重后果的发生都没有预见。二者的区别在于，疏忽大意过失对严重后果的发生是应当预见而没有预见，医疗意外是对严重后果的发生是难以预见而没有预见。
重大责任事故罪，是指工厂、矿山、林场、建筑企业或者其他企业、事业单位的职工，由于不服从管理、违反规章制度，或者强令工人违章冒险作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的行为。
二罪的相似之处在于：(1)两罪在主观方面均属过失犯罪;(2)二罪在客观上都造成了人员伤亡的后果。区别在于：(1)主体不同。前罪的主体是生产单位直接从事生产或指挥生产的人员;本罪的主体是医务人员，二者业务性质不同;(2)客体不同。前罪侵犯的客体是工矿企业的生产安全和社会公共安全，危及的是不特定或多数人的人身安全和公私财产安全。本罪侵犯的主要客体是医疗机构的管理秩序;(3)过失行为发生的场合不同。前罪发生于生产作业中，而本罪发生于诊疗护理过程中。
玩忽职守罪，是指国家机关工作人员严重不负责任，不履行或不正确履行职责，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为，它与医疗事故罪都表现为严重不负责任，都可能出现造成人员伤亡的严重后果。二罪的区别在于：(1)主体不同。前罪的主体是国家机关工作人员，本罪的主体则是医务人员;(2)客体不同。前罪侵害的客体是国家机关的正常管理活动，而本罪侵害的主要客体是医疗机构的管理秩序;(3)过失的内容不同。前罪是在行政管理过程中出现的过失，而本罪则是在诊疗护理工作中出现的过失;(4)客观表现不同。前罪表现为在行政管理工作中严重不负责任，不履行或不正确履行自己的职责，而本罪则表现为在诊疗护理工作中违反规章制度或诊疗操作常规;(5)危害后果不同。本罪的危害后果仅限于就诊人死亡或身体健康严重受损，而前罪的后果既可以是人员伤亡，也可以是财产损失，还可以是恶劣的政治影响。
它们在危害结果上基本相同。其区别在于：(1)主体不同。本罪的主体是特殊主体，即医务人员，后二罪的主体则为一般主体。(2)主观过失的性质不同。本罪的过失属于业务过失，而后二罪的过失属日常生活中的过失。(3)客观方面不同。本罪的客观方面表现为在诊疗护理工作中，严重不负责任，违反规章制度或诊疗护理操作常规，而后二罪分别表现为通过某种方式致人死亡或造成他人重伤。(4)客体不同。后二罪侵害的客体是人的生命健康权利，而本罪侵害的客体主要是医疗机构的管理秩序。