农村自建房用于经营，只要有营业执照，拆迁就有可能按照商铺赔偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十三条关于“住改非”房屋补偿问题
所谓“住改非”房屋是指产权性质为住宅，但已依法取得营业执照成为经营性用房。其形成原因十分复杂，有部门之间缺乏协调，管理不到位造成的;也有在经济转型、体制转轨时期，为促进就业，鼓励下岗职工兴办的，多属于历史遗留问题。
“住改非”房屋，既有不合法的方面，又有合理的成分，处理时应当遵循“尊重历史，实事求是”的原则。《国务院办公厅关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》(国办发明电[2003]42号)规定，“对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。”从各地情况看，对于符合上述规定且经营时间较长的，参照营业用房给予补偿的情况较多。
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十一条 被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。
被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。