1、主体不同
三方协议：适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的鉴证方或签约方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位;
劳动合同：只适用于劳动者(含应届毕业生)与用人单位(不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统)之间，与学校无关。
2、内容不同
三方协议：内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接受毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案，而不涉及毕业生到用人单位报到后应享有的权利义务。
劳动合同：主要内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，劳动权利义务更为明确。
3、时间不同
三方协议：应在毕业生就业之前签订。
劳动合同：在毕业生到用人单位报到后才签订。
4、扩展资料
签劳动合同要注意事项：
1、要明确职务和岗位，否则，用人单位会利用调职的方式，变相压迫毕业生主动辞职，且不支付任何经济补偿金;
2、要防止用人单位不断用换岗位的方式，反复延长试用期，因为同一个岗位同一个人不能适用两次试用期，而换岗位就没有限制了(其实这招已经不用再防了，根据2008年1月日生效的《劳动合同法》同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期);
3、要在劳动合同中明确最低的工资标准，最好能将年终奖用条款固定下来，作为工资的一部分。由于我国暂时没有对年终奖定性，这个法律空白有可能被用人单位利用，将来成为克扣薪水的一种方式;
4、要了解用人单位是否给员工办理社会保险。如果没有社保，等于工资减去很多，还不能享受国家和单位的社保福利。