依据我国相关法律的规定，分公司能不能认定单位犯罪，要确定分公司是否为单位犯罪的主体，如果以单位的分支机构或者内设机构、部门的名义实施犯罪，违法所得亦归分支机构或者内设机构、部门所有的，应认定为单位犯罪。
《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》
2000年9月20日至22日，最高人民法院在湖南省长沙市召开了全国法院审理金融犯罪案件工作座谈会。这次会议研究了刑法修订以来法院审理金融犯罪案件中具体适用法律的有关问题，并形成了座谈会纪要。该纪要对于单位犯罪问题形成了如下几点意见：
(1)关于单位的内部组织能否构成单位犯罪主体的问题。认为，在一般情况下，单位的内部组织不是独立地进行活动，而是以其所在单位的名义进行活动，因而其行为应当视为其所在单位的行为。但有些单位的内部组织享有相对独立的人、财、物的管理权，可以独立对外活动，如机关里的服务中心、某些企业里实行承包制的部门等。在这种情况下，如果不将其当作单位犯罪的主体，而是当作个人犯罪处理，是不妥的。因此，单位的内部组织，只要具有相对独立的民事行为能力和财产责任能力，就可以构成单位犯罪的主体。
(2)关于承包企业能否成为单位犯罪的主体问题。认为，行为人通过签订承包合同，取得对某一企业的经营管理权，并以该企业的名义从事经营活动，是一种经营权的转移，并不意味着所有制改变。行为人通过签订承包协议，取得了企业的经营权，担任厂长或者经理，表明他已取得了企业主管人员的身份。他在经营活动中，不再是以个人名义从事活动，而是以承包企业的名义为该企业的利益从事活动，其行为不是个人行为，而是单位行为。因此，对于承包企业的犯罪行为应以单位犯罪论处。
(3)关于未作为单位犯罪起诉的案件的处理问题。认为，从审判实践来看，检察机关把单位犯罪当作个人犯罪起诉的不在少数。如果退回检察机关补充起诉，检察机关又往往不同意。在这种情况下，只能在判决中对单位犯罪的事实予以认定，只是判决书中不出现单位犯罪的字样，也不引用单位犯罪的条款。但在量刑时要考虑单位犯罪的实际情况，参照单位犯罪的法定刑决定刑罚。