依据我国相关法律的规定，对管辖权有争议的案件，在审查起诉阶段，可以由上级人民法院指定管辖，但要与人民法院协商一致。
《人民检察院刑事诉讼规则》
第二十二条 对于下列案件，上级人民检察院可以指定管辖：
(一)管辖有争议的案件;
(二)需要改变管辖的案件;
(三)需要集中管辖的特定类型的案件;
(四)其他需要指定管辖的案件。
对前款案件的审查起诉指定管辖的，人民检察院应当与相应的人民法院协商一致。对前款第三项案件的审查逮捕指定管辖的，人民检察院应当与相应的公安机关协商一致。
立案管辖，又称职能管辖或部门管辖，是指人民法院、人民检察院和公安机关各自直接受理刑事案件的职权范围，也就是人民法院、人民检察院和公安机关之间，在直接受理刑事案件范围上的权限划分。立案管辖所要解决的是哪类刑事案件应当由公安司法机关中的哪一个机关立案受理的问题。具体地讲，也就是确定哪些刑事案件不需要经过侦查，而由人民法院直接受理审判;哪些刑事案件由人民检察院直接受理立案侦查;哪些刑事案件由公安机关立案侦查。
立案管辖主要是根据下列因素划分的：
其一，公安司法机关的性质与诉讼职能。我国公、检、法机关是刑事诉讼中的主要诉讼主体，但由于各自的性质和诉讼职能不同，划分管辖必须与之相适应。
其二，刑事案件的性质、案情的轻重、复杂程度等。这些情况也是划分管辖的重要依据。我国刑事诉讼法第18条对人民法院、人民检察院和公安机关的立案管辖范围，作了概括性的规定。
为了便于在实际工作中应用执行这一法律规定，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部和全国人大常委会法制工作委员会联合对刑事案件的立案管辖作出了更为具体的规定。