目前仍应适用诉讼时效。
诉讼时效的适用范围为债权及其救济权，既然土地承包经营权具有债权的性质，那么就有适用诉讼时效的必要性，以促进土地承包经营权人及时行使权力，避免法律上的权利义务关系与事实上的利益关系长期脱节，以稳定社会秩序。同时，也降低诉讼中的证明费用，从而降低诉讼成本。土地承包经营权具有的这种债权属性，是理论上其适用诉讼时效的决定性因素，也是司法实践当中土地承包经营权适用诉讼时效的依据。
当然在司法实践中，由于许多地区没有签订书面土地承包合同，土地承包经营权受到侵害的时效起点难以确定等等情况，对保护土地承包经营权人的合法权利不利。而当土地承包经营权实现完全物权化时，承包经营权人采用物权的保护方法行使物上请求权，则可以避免这一不利于土地承包经营权人的状况发生，因为物上请求权通常适用于诸如土地承包经营权等各种继续性的侵害行为。但是这有待于法律对此作出更为明确的规定，目前对关于土地承包经营权的纠纷仍以适用诉讼时效为宜。
第一，现阶段我国农村土地实行集体所有制，而且这种集体所有制就其实质而言是一种社区所有制，土地承包经营权是农民基于其集体成员的特定身份所依法享有的权利。非经农民集体同意，社区以外成员不享有农村土地承包经营权，因此土地承包经营权是一种与农民社区成员身份不可分离的权利，是一种人身权。社区成员只有获得了土地承包经营权，才能在一定程度上体现其土地所有者的地位。
第二，随着农村经济体制改革的深入进行，农村土地承包经营权已发生具有普遍意义的物权化演进倾向，主要表现在：承包经营权人对承包土地拥有直接占有、使用、收益和有限处分权，土地承包经营权越来越多地成为农户进行土地转让、出租、转包、入股等的产权基础，从而具有物权的一般权能。由于我国相关法律并没有对土地承包经营权进行具体明确的规定，农民的土地转包、转让、出租、抵押、入股等都缺乏必要的法律依据，因此土地承包经营权还不是一种完全的自物权。《土地管理法》明确规定“土地承包期延长30年”，使我国土地承包经营权期限已超过一般债权法规定的20年最长租赁期限。
第三，土地承包经营权是《民法通则》第五章第一节所直接规定的权利，是具有排他性的财产权，而学界通常认为该节是对物权制度所作的规定。