注册申办农村合作社流程如下：
申办农民专业合作社，共涉及工商、公安、税务、质监、银行 农业等多个部门
1、工商行政管理局设立登记，提交材料
(1)设立登记申请书；
(2)全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；
(3)全体设立人签名、盖章的章程；
(4)法定代表人、理事的任职文件和身份证明；
(5)全体出资成员签名、盖章予以确认的出资清单；
(6)法定代表人签署的成员名册和成员身份证明复印件；
(7)住所使用证明；8、指定代表或者委托代理人的证明；
(8)合作社名称预先核准申请书；
(9)业务范围涉及前置许可的文件。不收任何费用。
2、公安局制定刻章，提交材料
合作社法人营业执照复印件、法人代表身份证复印件、经办人身份证复印件，收费400元上下。
3、质量技术监督局办理组织机构代码证，提交材料
(1)合作社法人营业执照副本原件及复印件一份；
(2)合作社法人代表及经办人身份证原件及复印件一份；
(3)如受他人委托代办的，须持有委托单位出具的代办委托书面证明。 收费内容：108元/证，工本费：正本每份10元，副本每份8元，技术服务费90元。
4、国家、地方税务局申领税务登记证，提交材料
(1)法人营业执照副本及复印件；
(2)组织机构统一代码证书副本及复印件；
(3)法定代表人(负责人)居民身份证或者其他证明身份的合法证件复印件；
(4)经营场所房屋产权证书复印件；
(5)成立章程或协议书复印件。免收税务登记工本费。
5、办理银行开户和账号，提交材料：
(1)法人营业执照正、副本及其复印件；
(2)组织机构代码证书正、副本及其复印件；
(3)农民专业合作社法定代表人的身份证及其复印件；
(4)经办人员身份证明原件、相关授权文件；
(5)税务登记证正、副本及其复印件；
(6)合作社公章和财务专用章及其法人代表名章。不收费 。
6、当地农经主管部门备案，提交材料
(1)法人营业执照复印件；
(2)组织机构代码证书复印件；
(3)农民专业合作社法定代表人的身份证复印件；
(42)税务登记证正、副本复印件。