如果劳动者所从事的工作知悉用人单位商业秘密的，应当承担保密义务，可以签订保密协议，另外并约定劳动者的竞业限制义务。这种情况下签订保密协议是合法的。
《劳动合同法》
第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条 竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
1、遵循公平原则，兼顾双方的利益。我国《劳动法》第22条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项，这是劳动领域中订立保密协议的法律依据。《合同法》第5条规定：当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。保密协议跟其他协议一样，首先必须遵循公平、平等的原则，才具有法律效力。
2、明确保密范围。不同的企业和同一企业的不同时期，所持的商业秘密是不一样的，在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来。此外，当商业秘密具有企业无形资产和职工个人劳动成果双重性质时，例如广告公司策划人员的创意工作、IT公司技术人员完成的编程、数据库等，应当特别注意明确其性质属于个人著作权还是公司商业秘密?当事人是否要承担保密义务。
3、明确保密主体和保密义务期限。除保密岗位和技术岗位这两种涉密岗位以外，一般员工(包括不承担保密义务的人员)在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任;掌握了商业秘密的员工的家属、朋友，对保守商业秘密也应该履行同等义务。