依据我国相关法律的规定，刑事案件中适用指定管辖的两类案件分别是地区管辖不明的刑事案件和原来有管辖权的法院不适宜或者不能审判的刑事案件。
《最高人民法院关于适用的解释》
第十六条 有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使管辖权的，可以请求移送上一级人民法院管辖。上一级人民法院可以管辖，也可以指定与提出请求的人民法院同级的其他人民法院管辖。
第十七条 两个以上同级人民法院都有管辖权的案件，由最初受理的人民法院审判。必要时，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。
管辖权发生争议的，应当在审理期限内协商解决;协商不成的，由争议的人民法院分别层报共同的上级人民法院指定管辖。
第十八条 上级人民法院在必要时，可以指定下级人民法院将其管辖的案件移送其他下级人民法院审判。
立案管辖，又称职能管辖或部门管辖，是指人民法院、人民检察院和公安机关各自直接受理刑事案件的职权范围，也就是人民法院、人民检察院和公安机关之间，在直接受理刑事案件范围上的权限划分。立案管辖所要解决的是哪类刑事案件应当由公安司法机关中的哪一个机关立案受理的问题。具体地讲，也就是确定哪些刑事案件不需要经过侦查，而由人民法院直接受理审判;哪些刑事案件由人民检察院直接受理立案侦查;哪些刑事案件由公安机关立案侦查。
立案管辖主要是根据下列因素划分的：
其一，公安司法机关的性质与诉讼职能。我国公、检、法机关是刑事诉讼中的主要诉讼主体，但由于各自的性质和诉讼职能不同，划分管辖必须与之相适应。
其二，刑事案件的性质、案情的轻重、复杂程度等。这些情况也是划分管辖的重要依据。我国刑事诉讼法第18条对人民法院、人民检察院和公安机关的立案管辖范围，作了概括性的规定。
为了便于在实际工作中应用执行这一法律规定，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部和全国人大常委会法制工作委员会联合对刑事案件的立案管辖作出了更为具体的规定。