依据我国相关法律的规定，刑事案件立案后，双方达成和解协议的，能不能撤案要依据检察院是否作出不起诉决定，如果作出不起诉决定的，就可以撤销案件。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百七十九条 对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关。公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。
第二百八十九条 双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。
第二百九十条 对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议;对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。
首先，在刑事案件中，双方当事人要进行和解，需要确定是否属于以下案件：
1、涉嫌侵犯人身权利民主权利、侵犯财产犯罪，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的犯罪;
2、除渎职犯罪以外可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪，并且，犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的不适用。
其次，双方当事人达成刑事和解有以下方式：
1、双方当事人提出和解
双方当事人为避免诉累，可以自发提出和解。不过，自诉案件允许和解，公诉案件还是要接受法院追究刑事责任。
比如故意伤害罪，双方当事人达成赔偿协议后，被告人犯的罪较重的仍然要负担刑事责任。
2、双方当事人亲属、代理人、辩护人代为提出和解
为给被告人争取宽大处理，其亲属、代理人、辩护人也可以根据具体情况，代为提出和解，跟被害人达成一致即可。
3、司法机关告知当事人可以进行和解
对符合刑事和解条件的案件而没有进行和解的，司法机关就会告知对方可以进行和解。