行政复议能够保护合法权益不受侵犯，合伙企业在认为行政机关有侵犯其合法权益的情况下，是可以申请行政复议的。
根据《中华人民共和国行政复议法》第六条 有下列情形之一的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议:
(一)对行政机关作出的警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留等行政处罚决定不服的;
(二)对行政机关作出的限制人身自由或者查封、扣押、冻结财产等行政强制措施决定不服的;
(三)对行政机关作出的有关许可证、执照、资质证、资格证等证书变更、中止、撤销的决定不服的;
(四)对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的;
(五)认为行政机关侵犯合法的经营自主权的;
(六)认为行政机关变更或者废止农业承包合同，侵犯其合法权益的;
(七)认为行政机关违法集资、征收财物、摊派费用或者违法要求履行其他义务的;
(八)认为符合法定条件，申请行政机关颁发许可证、执照、资质证、资格证等证书，或者申请行政机关审批、登记有关事项，行政机关没有依法办理的;
(九)申请行政机关履行保护人身权利、财产权利、受教育权利的法定职责，行政机关没有依法履行的;
(十)申请行政机关依法发放抚恤金、社会保险金或者最低生活保障费，行政机关没有依法发放的;
(十一)认为行政机关的其他具体行政行为侵犯其合法权益的。