依据我国相关法律的规定，做腹腔镜手术三天后死亡的，对医疗事故的认定没有异议的，双方可以协商赔偿的问题，如果有异议的，可以申请死因鉴定，确定医疗事故后协商赔偿，协商不成的提起诉讼解决。
《中华人民共和国医疗事故处理条例》
第十八条 患者死亡，医患双方当事人不能确定死因或者对死因有异议的，应当在患者死亡后48小时内进行尸检;具备尸体冻存条件的，可以延长至7日。尸检应当经死者近亲属同意并签字。
尸检应当由按照国家有关规定取得相应资格的机构和病理解剖专业技术人员进行。承担尸检任务的机构和病理解剖专业技术人员有进行尸检的义务。
医疗事故争议双方当事人可以请法医病理学人员参加尸检，也可以委派代表观察尸检过程。拒绝或者拖延尸检，超过规定时间，影响对死因判定的，由拒绝或者拖延的一方承担责任。
第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十七条 双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
1、医疗费赔偿金额=已发生医疗费用(不含原发病医疗费用)+预期医疗费用。
2、误工费赔偿金额=误工时间×收入标准(患者因误工减少的固定收入)。
3、住院伙食补助费=住院时间×医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准。
4、陪护费赔偿金额=陪护天数×陪护人数×医疗事故发生地上一年度职工年平均工资。
5、伤残生活补助费赔偿=伤残等级×医疗事故发生地的居民年平均生活费×赔偿期限。
6、残疾用具费赔偿金额=普及型器具的费用。
7、丧葬费赔偿金额=本市上年度职工月平均工资×6个月。
8、被抚养人生活费赔偿金额=被抚养人的人数×当地居民最低生活保障标准×抚养年限。
9、交通费赔偿金额=实际必需的交通费用单据数额之和。
10、住宿费赔偿金额=住宿天数×医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差住宿补助标准。
11、精神损害抚恤金赔偿金额=医疗事故发生地居民年平均生活费×年限(死亡最长不超过6年，残疾最长不超过3年)。
12、死亡赔偿金=事故责任人所在地上一年度人均收入×20年。