依据我国相关法律的规定，通过设卡拦截交通等方式隔离疫情是合法的，传染病蔓延时，政府部门有权采取紧急措施防控疫情。
《中华人民共和国传染病防治法》
第三十九条 医疗机构发现甲类传染病时，应当及时采取下列措施：
(一)对病人、病原携带者，予以隔离治疗，隔离期限根据医学检查结果确定;
(二)对疑似病人，确诊前在指定场所单独隔离治疗;
(三)对医疗机构内的病人、病原携带者、疑似病人的密切接触者，在指定场所进行医学观察和采取其他必要的预防措施。
拒绝隔离治疗或者隔离期未满擅自脱离隔离治疗的，可以由公安机关协助医疗机构采取强制隔离治疗措施。
医疗机构发现乙类或者丙类传染病病人，应当根据病情采取必要的治疗和控制传播措施。
医疗机构对本单位内被传染病病原体污染的场所、物品以及医疗废物，必须依照法律、法规的规定实施消毒和无害化处置。
第四十二条 传染病暴发、流行时，县级以上地方人民政府应当立即组织力量，按照预防、控制预案进行防治，切断传染病的传播途径，必要时，报经上一级人民政府决定，可以采取下列紧急措施并予以公告：
(一)限制或者停止集市、影剧院演出或者其他人群聚集的活动;
(二)停工、停业、停课;
(三)封闭或者封存被传染病病原体污染的公共饮用水源、食品以及相关物品;
(四)控制或者扑杀染疫野生动物、家畜家禽;
(五)封闭可能造成传染病扩散的场所。
上级人民政府接到下级人民政府关于采取前款所列紧急措施的报告时，应当即时作出决定。
紧急措施的解除，由原决定机关决定并宣布。