一、南京入台通行证办理流程
1、自行办理《大陆居民往来台湾通行证》;
2、准备好相关材料;
3、向有入台证办理资格的旅行社申请办理;
4、办理完成;
二、办理探亲入台证注意事项
1、在台期间如有逾期停留情形者，不予许可。(逾期未满6个月者，其不予许可期间为1年;逾期6个月以上未满1年者，其不予许可期间为2年;逾期1年以上未满3年者，其不予许可期间为3年至5年;逾期3年以上，其不予许可期间为5年至10年。大陆配偶，其在台湾地区未育有已设有户籍之未成年亲生子女者，不予许可期间得减为2分之1;其在台湾地区育有已设有户籍之未成年亲生子女或离婚仍行使、负担对于该子女之权利义务者，其不予许可期间，得不予管制);
2、大陆配偶来台团聚6个月以上者，须参加全民健康保险，未依规定缴交保险费，其延期或再申请进入台湾地区，得不予许可。
3、大陆地区配偶已在台办理结婚登记，经申请许可再次来台者，得申请发给一年逐次加签入出境许可证，在有效期间办理加签后，即可入出境;其加签效期，自加签之翌日起六个月。但不得逾逐次加签入出境许可证之有效期间。。
4、大陆地区人民申请进入台湾地区，所检附大陆地区制作之文书，应经行政院设立或指定之机构或委托之民间团体查证、验证。