已清算完毕的公司可以向工商机关申请注销登记。
《中华人民共和国公司法》
第一百七十九条 公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记;公司解散的，应当依法办理公司注销登记;
第一百八十八条 公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
第三十八条第一款 因合并、分立而存续的公司，其登记事项发生变化的，应当申请变更登记;因合并、分立而解散的公司，应当申请注销登记;因合并、分立而新设立的公司，应当申请设立登记。