一、预存代扣
每月26日至月底，缴费银行将自动从灵活就业人员缴费卡中代扣应缴的社会保险费。灵活就业参保人员应确保在此期间缴费卡内有足够的钱用于扣款。缴费银行按养老保险、医疗保险、失业保险的顺序依次扣缴，钱款不足将造成有的险种缴费中断。
二、实时缴费
灵活就业参保人员持本人身份证和社会保障卡，在建设银行任一营业网点柜面办理现金缴纳，其缴纳的社会保险费实时到账。
三、微信缴费（推荐）
2015年，南京市社保中心启动了“社保缴纳第三方支付”缴费模式、开通了“南京社保”微信公众号，在全国率先实现灵活就业人员“自助查询”及“自助缴费”功能。
缴费流程：关注“南京社保”公众号→进入公众号→点击“我的社保”→点击“自助缴费”→输入社会保障卡卡号、持卡人姓名、身份证号、验证码后点击“查询”→查看需要缴纳的社保费用→点击“立即缴费”→输入微信绑定银行卡的密码→完成缴费(整个过程30秒即可搞定)
缴费时间：每月1日—24日期间
目前该公众号缴费功能的主要服务对象：南京江南六区(玄武区、鼓楼区、建邺区、秦淮区、栖霞区、雨花台区)、化工园区、原浦口区的灵活就业参保人员。2016年将扩大到全市范围内的灵活就业参保人员。
灵活就业参保人员注意事项有哪些
(一)灵活就业人员应于每月1-25日到区、开发区社保经办机构办理参保、续保、停保等手续。
(二)对已参加基本养老保险的灵活就业人员，除出国定居或非因工死亡外，一律不得中途退保。
(三)灵活就业参保人员务必于每月25日前将本月应缴的社保费存入银行缴费卡中，逾期将产生欠费或缴费中断。
(四)灵活就业参保人员需补缴本结算年度之前养老保险费的，在补缴本金的同时须按银行同期存款利率补缴利息。
(五)参加基本医疗保险的灵活就业人员必须按月足额缴费。凡未足额缴费的，从次月起暂停其基本医疗保险待遇。灵活就业人员欠费期间发生的医疗费用，统筹基金和大病医疗救助基金不予支付。
(六)为避免出现非主观意愿未及时足额缴费影响医保待遇享受，2012年底起，新参保(含续保)灵活就业人员已自动开通免费的“社保通”服务，每月接收一次社保缴费信息和欠费提醒。尚未开通“社保通”的灵活就业人员如有需要，可携带身份证、市民卡等有效证件至区社保经办机构申请办理。