1、在建设工程纠纷中，涉及工程款纠纷的，当事人有明确约定的，人民法院应当按照当事人的约定判决;如果约定不明确，如暂定等，但约定按照某一定额进行结算，人民法院委托鉴定时应当明确按照该定额进行结算。这样做是符合《合同法》第64条的规定的。但是，法院这样做的前提是有赖于工程造价行业的观念和管理方式的改变。其核心在于如何看待建设工程定额的性质，一旦明确了定额不是政府定价或者政府指导价后，这种变化是必然的。但是，人民法院在这一改变前并不是无能为力的，因为理论上人民法院的判决是具有最高效力的行为指针。人民法院可以通过尊重当事人的判决来推动这一变化。
2、应当允许当事人在工程建设的过程中提起诉讼，也可以对工程造价进行阶段性的鉴定。不能一概地要求建设工程诉讼必须是在工程竣工后进行。
3、对于当事人的违约责任，人民法院必须严格追究。不能因为建设工程纠纷的违约责任追究十分困难就放弃追究，我国建设工程领域的许多问题(包括质量问题)，都是产生于不能严格履行合同。
1、协商
按照法律和商业惯例，一旦出现商业纠纷，双方应首先在自愿、平等的基础上进行友好协商，寻求解决的可能性。双方既有商业联系，对纠纷产生的原因应是心中有数，假如双方从合作的愿望出发并持客观公正的态度，通过坦诚、细致的磋商，纠纷是不难解决的。要害是双方协商不成，而应依据双方的协议，遵照有关的法规和通常的商业惯例，本着互谅互让、实事求是的精神，提出公平合理的解决方案，即可达成和解协议。这是大多数人的首选方式。当然，这种和解协议的内容必须合法，不损害国家、社会、第三人利益。自行协商解决纠纷，不受时间、地点和法定程序的限制，能维持双方的商业关系，消除隔阂或误解，增进双方的情谊。
2、调解
经过协商不能达成协议时，双方可申请业务主管部门(如工程造价管理协会等)出面进行调解。业务主管部门是依法负有对日常商业活动的指导、管理、监督之责，他们比较认识本行业的业务，比较全面的把握情况，由其出面调解，既轻易做纠纷双方的思想工作，又能准确运用法规，提出合理和中肯的解决方案。此外，主管部门还可以运用法律和制度答应的方式，给纠纷双方以必要的帮助、照顾和支持。
假如协商一致，纠纷双方也可以共同委托所信赖的第三者(个人或团体)出面调解。由第三者进行调解，有较高的灵活性、中立性、专业性和权威性，比较超脱和公正，不致因某种利害关系而偏袒一方或损害另一方的利益，调解专家充分听取双方的意见，耐心细致说服双方，以自己专业和人格上的感召力促使双方互相让步而达成和解。
3、仲裁
假如纠纷双方不愿通过协商和调解，或者协商、调解不成时，就只能在仲裁和诉讼两种方式中作一选择。仲裁作为解决商业纠纷的重要方式，具有与法院诉讼同等的法律地位和强制执行效力。
4、诉讼
毫无疑问，诉讼是解决商业纠纷最严肃的手段，同时也是最终的手段，在万不得已之下才予以采用。目前投诉立案难，程序烦琐、耗时漫长，诉讼费、律师费高，不可猜测的因素(如法官素质、行政干预、地方保护等)多、风险大。随着司法制度的不断健全和完善，“打官司”将变得越来越方便、越来越公正。