依据我国相关法律的规定，工程款结算纠纷是属于工程合同纠纷，按专属管理规定处理，所以建设工程合同是不能约定管辖的。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第三十三条 专属管辖
下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖;
(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖;
(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
第三十四条 协议管辖
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》
第二十八条 民事诉讼法第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。
农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地;不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。
1、质量不合格、未完成工程的工程价款结算问题
2、工程变更后的工程价款结算问题
工程变更，是指因设计文件或技术规范改变以及业主需求的变动，导致合同内容、范围等在施工中发生变更的情况。实践中，一般是建设工程工程量或者质量标准发生变化。如果工程发生变更，双方对于变更为口头约定或者变更后的结算方式约定不明的，双方在案件审理过程中多会产生争议。
3、因工程价款计价标准或结算方式约定不明产生的结算纠纷
价款结算是工程合同的核心内容之一，一份合同对此完全未作约定实难想象，但是虽然有价款结算条款但约定不明的情形却并非罕见。例如，约定了总造价，却又约定竣工后据实结算，那么究竟是固定总价合同还是固定单价合同?据实结算的计价标准是什么?是根据定额标准、工程量清单还是市场标准?等于没有约定
4、因工程量或者质量标准变化产生的结算纠纷
5、已送审价为准的结算纠纷
6、竣工决算时间的争议引发纠纷