依据我国相关法律的规定，职工不同意综合工时制工资的，可以与用人单位协商解决，如果协商不成的，可以申请劳动仲裁解决纠纷。
《中华人民共和国劳动法》
第三十六条 国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十七条 对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。
第七十七条 用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
第八十三条 劳动争议当事人对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。一方当事人在法定期限内不起诉又不履行仲裁裁决的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。
根据国家规定，用人单位延长工作时间，一般每天不得超过一小时;因特殊原因需要延长工作时间的，在保障就业者身体健康的条件下每天不得超过三小时，每月累计不得超过三十六小时。如果超过这一限度，就是违法行为，应当承担相应的法律责任。
但是，当出现可能危害国家、集体和人民生命财产安全的紧急事件时，用人单位可以直接决定延长工作时间，延长幅度根据需要而定，不受限制，并且不需要和工会及就业者协商。这些情况是：
(一)发生自然灾害、事故或者其他原因，需要紧急处理的，例如地震、洪水、抢险、交通事故等;
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，必须及时抢修的，例如自来水管道、下水管道、煤气管道泄露或堵塞的;
(三)法律、行政法规规定的其他情形。例如国务院《关于职工工作时间的规定的实施办法》规定的其他情形有：在法定节日和公休假日内工作不能间断，必须连续生产、运输或者营业的;必须利用法定节日或公休假日的停产期间进行设备保修、保养的;为了完成国防紧急生产任务的;为了完成国家下达的其他紧急生产任务的。