在查封共有财产时，可以进行双方协商分割。在执行程序的过程中，共有人如果协议分割共有财产，要经过债权人的认可，就可以认定有效。
根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第十四条规定：对被执行人与其他人共有的财产，人民法院可以查封、扣押、冻结，并及时通知共有人。共有人协议分割共有财产，并经债权人认可的，人民法院可以认定有效。查封、扣押、冻结的效力及于协议分割后被执行人享有份额内的财产;对其他共有人享有份额内的财产的查封、扣押、冻结，人民法院应当裁定予以解除。共有人提起析产诉讼或者申请执行人代位提起析产诉讼的，人民法院应当准许。诉讼期间中止对该财产的执行。
由此法条可见，执行法院就被执行人与他人共有的财产采取强制措施，但需通知共有人。就已被采取强制措施的财产，共有人可采取以下方法进行权益救济：
第一，通过与被执行人协议分割财产，并征得申请执行人同意，以解除执行法院对其所有财产的强制措施;
第二，通过提起析产诉讼的方式，请求法院分割共有财产并请求确认财产所有权，并以此请求法院解除已被采取强制措施的财产。同时，申请执行人也可通过代为诉讼的方式向法院请求析产。因此，在查封共有财产时，共有人可以协议分割共有财产。