依据我国相关法律的规定，公司注销后发现员工挪用资金的，在追诉时效内是可以起诉员工的，公司的主要负责人可以向公安机关报案，追究员工的责任。
《中华人民共和国刑法》
第八十七条 【追诉时效期限】犯罪经过下列期限不再追诉：
(一)法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年;
(二)法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年;
(三)法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年;
(四)法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
第二百七十二条 【挪用资金罪】公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役;挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十四条的规定定罪处罚。
申请注销前公司应开展公司清算，公司清算完成后便可进入公司注销申请程序，清算后、注销前公司需要出具和准备如下报告：
1、公司清算组负责人或公司法定代表人签署的《公司注销登记申请书》;
2、清算组成员《备案确认申请书》;
3、法院破产裁定、行政机关责令关闭的文件或公司依照《公司法》作出的决议;
有限责任公司提交股东会决议，股份有限公司提交股东大会决议。有限责任公司由代表三分之二以上表决权的股东签署，股东为自然人的由本人签字，自然人以外的股东加盖公章;股份有限公司由代表三分之二以上表决权的发起人加盖公章或者股东大会会议主持人及出席会议的董事签字确认。
国有独资有限责任公司提交出资人或出资人授权部门的文件。
因违反《公司登记管理条例》有关规定被公司登记机关依法撤销公司设立登记的，提交公司登记机关撤销公司设立登记的决定。
4、股东会或者有关机关确认的清算报告;’
5、刊登注销公告的报纸报样;
6、法律、行政法规规定应当提交的其他文件;