一、农村合作医疗在市医院报销比例
省内：
一级医疗机构：乡镇卫生院(包括分院)起付线50元，补偿比例90%;其他公立医疗机构：县内起付线200元，补偿比例70%;县外按二级县外相应比例执行。
二级医疗机构：县内起付线为200元，补偿比例85%;县外市内起付线500元，补偿比例65%;市外起付线1000元，补偿比例55%。
三级医疗机构：市内起付线800元，补偿比例为60%;市外起付线1500元，补偿比例55%。
未确定等级的政府办医疗机构：市内起付线800元，补偿比例60%;市外起付线1000元，补偿比例55%;
民营医疗机构(不分级别)：县内起付线400元，补偿比例为65%;市内起付线800元，补偿比例为55%;市外起付线1500元，补偿比例45%。
省外：
二级以上公立医疗机构起付线3000元，补偿比例为50%。
二级以上非公立医疗机构起付线2000元，补偿比例为40%。
按照上述规定，在市级医院补偿比例要比县级医院低。
二、农村合作医疗是什么
新型农村合作医疗，简称“新农合”，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。