依据我国相关法律的规定，用人单位拖欠工资时，应该通过法律途径追讨工资，员工如果私自收公司款抵扣工资的，是违法犯罪的行为，可能构成职务侵占罪。
《中华人民共和国刑法》
第二百七十一条 【职务侵占罪】公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
第九条 用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。
一、接受行政处罚
1、接受劳动行政部门的处罚
劳动部门可以责令其限期支付工资，如果逾期不支付，即会责令公司按应付金额50%以上100%以下的标准向员工加付赔偿金。
2、接受人社部门的处罚
具体地，根据以下情形接受相应的处理：
(1)该部门接到投诉举报后，会及时责令改正，对拒不改正的公司，将会作出行政处理或给予行政处罚。
(2)对无故拖欠数额大、时间长、性质恶劣的公司，按照有关规定，通过省市场主体信用信息公示系统和省社会信用体系向社会公布，并记入相关“黑名单”。
3、接受住房城乡建设部门、市场监督管理部门的处罚
对拖欠、未足额支付农民工工资以及逾期拒不支付的建筑施工单位，住房城乡建设部门会依法停止其投标资格、清出建筑市场等，并由市场监督管理部门依法吊销营业执照。
二、接受刑事处罚
公司以转移财产、逃匿等方法逃避支付员工工资，或者有能力支付而不支付员工工资，数额较大，经有关机关监督后仍不肯支付工资的，即构成拒不支付劳动报酬罪。
构成该罪的，具体要接受以下处罚：
1、将会被处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;
2、造成严重后果的，会处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
3、公司老板等直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也将会根据具体情况接受以上的处罚。