股东违反竞业禁止赔偿的标准在法律中并未做出规定，当事人可以通过协商自行确定。但是平时支付的费用不能作为竞业限制的经济补偿。在工资中划出一部分作为保密费或竞业限制的做法是没有根据的，因为国家对工资是有严格规定的。
根据国务院转发的国家统计局《关于工资总额组成的规定》第四条规定：工资总额由下列六个部分组成：
1、计时工资;
2、计件工资;
3、奖金;
4、津贴和补贴;
5、加班加点工资;
6、特殊情况下支付的工资。
同时，在第十条规定：“特殊情况下支付的工资。包括：
1、根据国家法律、法规和政策规定，因病、工伤、产假、计划生育假、婚丧假、事假、探亲假、定期休假、停工学习、执行国家或社会义务等原因按计时工资标准或计时工资标准的一定比例支付的工资;
2、附加工资、保留工资。”从这些规定中可以看出，保密费不属于工资的组成部分。如果用人单位的商业秘密确需特殊保护，建议将保密费单列作为企业的一项独立费用支出。
有关限制的经济补偿的规定很明确地说“约定在终止或者解除劳动合同后，给予劳动者经济补偿。”也就是说，竞业限制的经济补偿只能在合同终止或解除合同后给予，如果在事先给付的费用，是不能作为竞业限制的经济补偿。
对于用人单位与劳动者违反竞业限制协议的约定，应当按照如下规则处理：
1、如果用人单位未支付补偿金，竞业限制合同失效。用人单位支付了部分补偿金后不再继续支付的，劳动者可进行催告，如用人单位仍不支付，
可以免除劳动者的竞业限制义务且已支付补偿金不予返还。
2、如果劳动者仅违反竞业限制并未对用人单位造成损失，可以要求劳动者离开竞业岗位，并返还已支付竞业限制的经济补偿金，剩余期限的补偿金也不再支付。
3、如果劳动者违反竞业限制并对原用人单位造成了一定的损失，双方可在合同中约定违约金的计算方法。如，原用人单位的实际损失加上调查费用。
竞业限制是基于员工的忠诚义务而产生，法律规定竞业限制的最初目的是为了保护企业与公司的商业秘密，而根据上文的介绍我们也知道了即使是在职员工也有竞业限制义务。而要是违反了竞业限制义务的话，那此时就要承担相应的法律责任。