1、土壤的污染医疗废物伴随医疗服务过程而发生，如处置不当，任意露天堆放，不仅占用大量的土地，导致可利用土地资源的减少，而且大量的有毒废渣或废液在自然界到处流放，很容易就接触到土壤，有的医疗卫生机构甚至将医疗废物简单掩埋，这对土壤的污染则是非常大的。而医疗废物的有毒物质一旦进入土壤，会被土壤所吸附，对土壤造成污染，杀死土壤中的微生物和原生动物，破坏土壤中的微生态，反过来又会降低土壤对污染物的降解能力;其中的酸、碱和盐类等物质会改变土壤的性质和结构，导致土质酸化、碱化、硬化，影响植物根系的发育和生长，破坏生态环境;同时，许多有毒的有机物和重金属会在植物体内积蓄，人体吸人后，对肝脏和神经系统会造成严重损害，诱发癌症和使胎儿畸形。
2、水域的污染医疗废物可以通过多种途径污染水体，如可随地表径流进入河流湖泊，或随风迁徙落入水体，特别是当医疗废物露天放置或者混人生活废物露天堆放时，有害物质在雨水作用下，很容易流入江河湖海，造成水体的严重污染与破坏。最为严重的是有些医疗卫生机构甚至将医疗废物直接倒人河流、湖泊或沿海海域中，造成更大污染。其中的有毒有害物质进入水体后，首先会导致水质恶化，对人类饮用水安全造成威胁，危害人体健康;其次会影响水生生物正常生长，甚至会杀死水中生物，破坏水体生态平衡;医疗废物中往往含有重金属和人工合成的有机物，这些物质大都稳定性极高，难以降解，水体一旦遭受污染就很难恢复;对于含有传染性病原菌的医疗废物，一旦进入水体，将会迅速引起传染性疾病的快速蔓延，后果不堪设想。许多有机类医疗废物长期堆放后也会和城市废物一样产生渗滤液。渗滤液危害众所周知，它可进入土壤使地下水受污染，或直接流人河流、湖泊和海洋，造成水资源的水质型短缺。
3、大气的污染医疗废物在堆放过程中，在温度、水分的作用下，某些有机物质发生分解，产生有害气体;有些医疗废物本身含有大量的易挥发的有机物，在堆放过程中还会自燃，放出CO2、SO2等气体，不仅污染环境，而且火势一旦蔓延，则难以救护;以微粒状态存在的医疗废物，在大风吹动下，将随风飞扬，扩散至远处，既污染环境，影响人体健康，又会玷污建筑物、花果树木，影响市容与卫生，扩大危害面积与范围;此外，医疗废物在运输与处理的过程中，如不采用严格的封闭措施，产生的有害气体和粉尘也是十分严重的。扩散到大气中的有害气体和粉尘不但会造成大气质量的恶化，而且一旦进入人体和其他生物群落.还会危害到人类健康和生态平衡。
感染性废物：携带病原微生物具有引发感染性疾病传播危险的医疗废物。
损伤性废物：能够刺伤或者割伤人体的废弃的医用锐器。
病理性废物：诊疗过程中产生的人体废物和医学实验动物尸体等。
药物性废物：过期、淘汰、变质或者被污染的废弃的药品。
化学性废物：腐蚀性、废弃的化学物品。