上海民办单位注销办理时限是30日，作出准予或不准予注销的决定。准予注销登记的，发给注销证明文件。民办非企业单位注销登记由登记管理机关予以公告，公告费按照《民办非企业单位登记暂行办法》的规定由该民办非企业单位承担，登记记管理机关代收代付。
《民办非企业单位登记管理暂行条例》
第十六条 民办非企业单位自行解散的，分立、合并的，或者由于其他原因需要注销登记的，应当向登记管理机关办理注销登记。民办非企业单位在办理注销登记前，应当在业务主管单位和其他有关机关的指导下，成立清算组织，完成清算工作。清算期间，民办非企业单位不得开展清算以外的活动。
第十七条 民办非企业单位法定代表人或者负责人应当自完成清算之日起15 日内，向登记管理机关办理注销登记。办理注销登记，须提交注销登记申请书、业务主管单位的审查文件和清算报告。登记管理机关准予注销登记的，发给注销证明文件，收缴登记证书、印章和财务凭证。