依据我国相关法律的规定，企业年金制度是由县级以上人民政府人力资源社会保障行政部门对其执行情况进行监督检查的。对违反本办法的，由人力资源社会保障行政部门予以警告，责令改正。
《企业年金办法》
第二十八条 企业年金基金应当与委托人、受托人、账户管理人、投资管理人、托管人和其他为企业年金基金管理提供服务的自然人、法人或者其他组织的自有资产或者其他资产分开管理，不得挪作其他用途。
企业年金基金管理应当执行国家有关规定。
第二十九条 县级以上人民政府人力资源社会保障行政部门负责对本办法的执行情况进行监督检查。对违反本办法的，由人力资源社会保障行政部门予以警告，责令改正。
第三十条 因订立或者履行企业年金方案发生争议的，按照国家有关集体合同的规定执行。
因履行企业年金基金管理合同发生争议的，当事人可以依法申请仲裁或者提起诉讼。
(1)商业养老保险个人实际缴纳部分，法定保险允许在其个人所得税前扣除，而年金则不能在个税前扣除。
依据财税[2006]10号第一条规定，个人按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除;
而国税函[2009]694号文件第二条则规定，个人缴纳年金部分不能在计算个人所得税前进行扣除。
(2)企业为个人所缴纳的法定保险有免税部分，而年金应全额征收个人所得税。
依据《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税[2006]10号)第一条规定，企事业单位按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税，但需要注意的是，对于超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税，即法定保险是有免征部分的;
而国税函[2009]694号文件第二条则规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分是需要计征个人所得税的，在该文件中同时规定，年金在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金(不与正常工资、薪金合并)，不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。