依据我国相关法律的规定，民法院审理行政协议案件，应当适用行政诉讼法的规定;行政诉讼法没有规定的，参照适用民事诉讼法的规定。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（2020年1月1日起施行）
第二十七条?人民法院审理行政协议案件，应当适用行政诉讼法的规定;行政诉讼法没有规定的，参照适用民事诉讼法的规定。
人民法院审理行政协议案件，可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定。
第二十八条??2015年5月1日后订立的行政协议发生纠纷的，适用行政诉讼法及本规定。
2015年5月1日前订立的行政协议发生纠纷的，适用当时的法律、行政法规及司法解释。
受诉法院收到当事人提出的管辖权异议后，应当认真进行书面审查，必要时需召集双方当事人听证。对当事人所提出的管辖权异议，区别情况作出不同的处理：当事人就地域管辖权提出异议。经审查，异议成立的，受诉法院依照我国《民事诉讼法》第三十八条的规定，裁定将案件移送有管辖权的法院处理;异议不成立的，裁定驳回。当事人对裁定不服的，可以在裁定书送达之日起5日内向上一级法院提出上诉。当事人未提出上诉或者上诉被驳回的，受诉法院应通知双方当事人参加诉讼。当事人对管辖权问题申诉的，不影响受诉法院对该案件的审理。
当事人就级别管辖权提出异议。级别管辖是上下级法院之间就一审案件审理方面的分工。受诉法院审查后认为确无管辖权的，应将案件移送有管辖权的法院告知双方当事人，但不作裁定。受诉法院拒不移送，当事人向上级法院反映并就此提出异议的，如情况属实确有必要移送的，上级法院应当通知受诉法院将案件移送有管辖权的法院;对受诉法院拒不移送且作出实体判决的，上级法院应当以程序违法为由撤销受诉法院的判决，并将案件移送有管辖权的法院审理。