1、审核。申请材料是否真实、齐备及符合规定形式，申请人是否属于登记备案人员、是否属于法定不准出境人员、是否属于限制赴香港或者澳门人员、是否有其他不予批准的情形。认为有疑问的，应当进行必要的调查核实。
2、异地核查。
(1)内地居民符合本规范规定异地申请商务签注的，由受理审批的地级以上公安机关出入境管理部门向申请人常住户口所在地地级以上公安机关出入境管理部门传真进行核查。
(2)内地居民通过劳务经营公司在非常住户口所在地申请赴香港或者澳门就业，由受理审批的地级以上公安机关出入境管理部门向申请人常住户口所在地地级以上公安机关出入境管理部门传真进行核查，或者由劳务经营公司代为提交申请人常住户口所在地公安派出所或者原内地工作单位出具的意见。核查内容包括:申请人是否曾申领过往来港澳通行证、是否属于登记备案人员、是否属于法定不准出境人员、是否有其他不予批准情形。申请人常住户口所在地地级以上公安机关出入境管理部门在收到《异地申请往来港澳地区核查函(式样见附件二)后，须在10个工作日内传真回复发函部门，在规定时限内不回复，视为同意。
3、特殊情形。被限制赴香港或者澳门人员，如其有探望危重病人、奔丧等特殊情形，确需赴香港或者澳门，由省级公安机关出入境管理部门审批，报我局备案，并在批准后2个工作日内将被限制人员情况(包括姓名、性别、出生日期、证件号码、签注种类、批准事由)通报香港入境事务处或者澳门治安警察局出入境事务厅。
4、审批人员审核申请材料后，根据受理审核情况，决定是否批准申请人赴香港或者澳门。不予批准的，说明理由并书面告知申请人(式样见附件三)。