依据我国相关法律的规定，协商医疗纠纷赔偿金额的，一般要综合考虑医疗事故的等级、造成的损害等因素确定金额，协商好后签订协议书。
《医疗事故处理条例》
第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十七条 双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
1、双方当事人共同委托医疗事故技术鉴定的，由双方当事人协商预先缴纳鉴定费;
2、卫生行政部门移交进行医疗事故技术鉴定的，由提出医疗事故争议处理的当事人预先缴纳鉴定费;
3、卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，对需要移交医学会进行医疗事故技术鉴定的，鉴定费由医疗机构支付;
4、法院首次委托鉴定的，由医疗机构缴付;
5、对首次鉴定不服，再次申请鉴定的，由申请再次鉴定人缴付;
6、经鉴定属于医疗事故的，鉴定费由医疗机构支付;经鉴定不属于医疗事故的，鉴定费由提出医疗事故争议处理申请的当事人支付。