网上办理流程
1.申请。申请人登录广东省网上办事大厅清远连南分厅提出申请，上传电子材料。
2.受理。接收受理人员对材料进行预审，在2个工作日之内提出预审意见，作出受理决定。申请人符合申请资格，且材料齐全、格式规范、符合法定形式的，预受理，出具电子版《预受理回执》；申请人不符合申请资格或材料不齐全、不符合法定形式的，接件受理人员不予受理，出具《不予受理通知书》。预受理后，申请人按约定方式自行或邮寄向行政服务中心综合服务窗口提交纸质材料，接件受理人员当场与网上电子材料审核无误后予以正式受理。
3.审查。受理后，审查人员对材料进行审查，在9个工作日内作出审查决定。符合审批条件的，出具《水生野生动物特许运输证》；不予通过的，出具《不予许可决定书》。审查过程，发现材料需补正的2个工作日内向申请人提出补正要求，出具《申请材料补正告知书》，申请人按要求补正后重新受理审查。
4.领取结果。申请人按约定的方式通过行政服务中心窗口或科技和农业局领取办理结果。(1个工作日)
窗口办理流程
1.申请。申请人向行政服务中心综合服务窗口或科技和农业局提出申请，提交申请材料。
2.受理。接件受理人员核验申请材料，当场作出受理决定。申请人符合申请资格，并材料齐全、格式规范、符合法定形式的，予以受理；申请人不符合申请资格或材料不齐全、不符合法定形式的，接件受理人员不予受理，出具《不予受理通知书》。申请人材料不符合要求但可以当场更正的，退回当场更正后予以受理。
3.审查。受理后，审查人员对材料进行审查，在9个工作日内作出审查决定。符合审批条件的，出具《水生野生动物特许运输证》；不予通过的，出具《不予许可决定书》。审查过程，发现材料需补正的2个工作日内向申请人提出补正要求，出具《申请材料补正告知书》，申请人按要求补正后重新受理审查。
4.领取结果。申请人按约定的方式到行政服务中心窗口或科技和农业局领取办理结果。 (1个工作日)
特殊环节
无