有的。
1、犯罪客体的不同。非法剥夺公民宗教信仰自由罪侵犯的客体是公民的宗教信仰自由权，侵犯少数民族风俗习惯罪侵犯客体是少数民族的保持和改革本民族风俗习惯的自由权。
2、侵犯的对象不同。侵犯少数民族风俗习惯罪侵犯的对象只限于少数民族公民的风俗习惯不包括汉族人民的风俗习惯;而非法剥夺公民宗教信仰自由罪的犯罪对象则既可能是少数民族的公民也可能是汉族公民。
3、犯罪的客观方面不同，非法剥夺公民宗教信仰自由罪行为的客观表现为以暴力、胁迫或其他方法对公民的宗教信仰自由进行非法剥夺，而侵犯少数民族风俗习惯罪在客观上主要表现为以强制手段破坏少数民族风俗习惯的行为。另外，一般说来，两罪的犯罪行为发生的地点也常常不同。其中，非法剥夺宗教信仰自由罪多发生在教堂、寺庙，或其他有关宗教活动场所，而侵犯少数民族风俗习惯罪，则较少发生在这些场所。
4、两罪主观故意的内容不同，二者虽然都是故意犯罪，但故意的内容是不同的，侵犯少数民族风俗习惯罪的行为人系明知少数民族有保持和改革本民族风俗习惯的自由，但仍故意加以侵犯;非法剥夺公民宗教信仰自由罪之行为人则是明知公民有宗教信仰的自由而故意予以非法剥夺。