(一)提出请求的当事人不同
有权提出撤销仲裁裁决申请的当事人可以是仲裁案件中的任何一方当事人，不论其是仲裁裁决确定的权利人还是义务人;而有权提出不予执行仲裁裁决的当事人只能是被申请执行仲裁裁决的一方当事人。
(二)提出请求的期限不同
当事人请求撤销仲裁裁决的，应当自收到仲裁裁决书之日起6个月内向人民法院提出;而当事人申请不予执行仲裁裁决则是在对方当事人申请执行仲裁裁决之后，法院对是否执行仲裁裁决作出裁定之前。
(三)管辖法院不同
当事人申请撤销仲裁裁决，应当向仲裁委员会所在地的中级人民法院提出，而当事人申请不予执行仲裁裁决只能向申请执行人所提出执行申请的法院提出。
(四)法定理由不同
《仲裁法》第58条关于申请撤销仲裁裁决理由的第4项和第5项分别是：裁决所依据的证据是伪造的，对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据的;而申请不予执行仲裁裁决理由的第4项和第5项分别是：认定事实的主要证据不足的、适用法律确有错误的。而且，人民法院还可以以违背杜会公共利益为由撤销仲裁裁决。法定理由的不同表明，人民法院在审查撤销仲裁裁决时，侧重对于仲裁裁决的事实认定进行审查;而在审查不予执行仲裁裁决时，既审查仲裁裁决所认定的事实，又审查仲裁裁决所适用的法律。
(五)法律程序不同
在撤销仲裁裁决的程序中，法院认为可以由仲裁庭重新仲裁的，应通知仲裁庭在一定期限内重新仲裁;而在不予执行仲裁裁决的程序中，法院不可要求仲裁庭重新仲裁。
1、二者均为对错误仲裁裁决的补救制度，均通过法院对仲裁的监督来保证仲裁裁决的合法性和保护当事人的权益;
2、二者均依当事人申请而开始，法院不得依职权主动进行;
3、二者的条件多有相同之处;
4、二者的法律后果是相同的，即原仲裁协议失效，当事人可重新选择解决其纠纷的方式。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二百一十七条对依法设立的仲裁机构的裁决，一方当事人不履行的，对方当事人可以向有管辖权的人民法院申请执行。受申请的人民法院应当执行。
被申请人提出证据证明仲裁裁决有下列情形之一的，经人民法院组成合议庭审查核实，裁定不予执行：
(一)当事人在合同中没有订有仲裁条款或者事后没有达成书面仲裁协议的;
(二)裁决的事项不属于仲裁协议的范围或者仲裁机构无权仲裁的;
(三)仲裁庭的组成或者仲裁的程序违反法定程序的;
(四)认定事实的主要证据不足的;
(五)适用法律确有错误的;
(六)仲裁员在仲裁该案时有贪污受贿、徇私舞弊，枉法裁决行为的。
人民法院认定执行该裁决违背社会公共利益的，裁定不予执行。
裁定书应当送达双方当事人的仲裁机构。
仲裁裁决被人民法院裁定不予执行的，当事人可以根据双方达成的书面仲裁协议重新申请仲裁，也可以向人民法院起诉。