公安机关出入境管理部门受理往来港澳通行证申请后，应当在7个工作日内予以签发；单独受理签注申请后，应当在7个工作日内予以签发。因所在地区交通不便或者因特殊情况，不能按期签发的，经省级公安机关出入境管理部门批准，签发时间可以延长至20个工作日。
按照国家移民管理局有关规定在非常住户口所在地申请往来港澳通行证、签注的，公安机关出入境管理部门应当在20日内予以签发。
内地居民因奔丧、治疗重症、探望危重病人、处理境外突发事件、出境参加紧急会议和谈判、签订合同及出国留学报到时间临近、行前证件遗失损毁等紧急事由急需申请往来港澳通行证和签注的，公安机关出入境管理部门应当按照急事急办原则，优先审批办理。
证件有效期
往来港澳通行证有效期5年。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
签注有效期
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即探亲(T)、商务(S)、团队旅游(L)、其他(Q)、逗留(D)根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。