新设医疗机构分类不同，享受的政策不同。医疗机构将按照其性质、功能和承担的任务不同，分为非营利性医疗机构、营利性医疗机构、疾病控制机构和妇幼保健机构四大类。
非营利性医疗机构按照国家规定价格取得的医疗服务收入，免征各项税收(仅指机构自身的各项税收，不包括个人从医疗机构取得所得应纳的个人所得税，下同);不按照国家规定价格取得的医疗服务收入，不得享受此项税收优惠政策。地方税收优惠政策包括：营业税、房产税、城镇土地使用税等。
医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保舰接生、计划生育方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料、器具、救护车、病房住宿和伙食的业务(下同)。
但是，非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收;非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按国家规定征收各项税收。
非营利性医疗机构属于税法规定的符合条件的非营利组织，其取得的收入(不包括从事营利性活动取得的收入)为免税收入。
营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善卫生医疗条件的，自取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其取得的医疗服务收入免征营业税;对营利性医疗机构自用的房产、土地免征房产税、城镇土地使用税。3年免税期满后恢复征税。但是，对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构按照国家规定的价格取得的卫生服务收入(含疫苗接种和调拨、销售收入)，免征各项税收。不按照国家规定的价格取得的卫生服务收入不得享受这项政策。
对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。
营业税
纳税人在中华人民共和国境内提供《中华人民共和国营业税暂行条例》规定的应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的，为营业税的纳税人，应当按照营业额和规定的税率计算缴纳营业税。
医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务，免征营业税。医院、诊所和其他医疗机构提供的其他劳务如出租设备、房产、土地，转让无形资产、销售不动产等依法应当缴纳营业税。
房产税、土地使用税
(一)自用房产、土地
1、非营利性医疗机构自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。
2、营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，三年内给予下列优惠：对营利性医疗机构自用的房产、土地免征房产税、城镇土地使用税。三年免税期满后恢复征税。
(二)出租房产、土地
医院、诊所和其他医疗机构出租的房产、土地，应依法缴纳房产税、城镇土地使用税。以房产租金收入为房产税的计税依据，税率为12%。土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，依照规定税额计算征收。其实际占用土地的面积，按土地使用证书确认的土地面积计算。
案例：某营利性医院05年成立，其医疗服务收入已用于改善医疗卫生条件，自有房产原值8000万元。2009年将部分房产用于出租，房产原值900万元，取得租金收入80万元。该医疗机构09年如何缴纳房产税?
分析：营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内可以免征房产税。09年该医疗机构免税期已满，应按规定征收房产税。
自用房产应纳房产税额=(8000-900)×(1-30%)×1.2%=59.64万元
出租房产应纳房产税额=80×12%=9.6万元
车船税
根据《中华人民共和国车船税暂行条例》及《江苏省〈中华人民共和国车船税暂行条例〉实施办法》，在我省境内，除依照《条例》规定免征车船税的纳税人外，都应当依照规定缴纳车船税。所以，自2007年度起，医疗机构自用车船不再享受免征车船税政策。
《车船税暂行条例》规定的免税车船如下：
(一)非机动车船(不包括非机动驳船);
(二)拖拉机;
(三)捕捞、养殖渔船;
(四)军队、武警专用的车船;
(五)警用车船;
(六)按照有关规定已经缴纳船舶吨税的船舶;
(七)依照我国有关法律和我国缔结或者参加的国际条约的规定应当予以免税的外国驻华使馆、领事馆和国际组织驻华机构及其有关人员的车船。
企业所得税
凡经国家有关部门批准、依法注册、登记的具有独立法人资格的医疗机构，其取得的生产经营所得和其他所得，应当征收企业所得税。医疗卫生机构的收入，除国务院或财政部、国家税务总局规定免征企业所得税的项目外，其他一切收入都应并入其应纳税收入总额，依法计征企业所得税。
医疗机构取得的应纳税收入总额(包括租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等非医疗服务收入)，减去税收政策规定允许扣除的与取得收入有关的成本、费用、损失后的余额，为应纳税所得额。对取得应纳税收入有关的成本、费用、损失与免纳税收入有关的成本、费用、损失应分别核算。确实难以划分清楚的，可由主管税务机关采取分摊比例法或其他合理的方法确定。确实无法查账的，可以实行核定征收方式。
免征企业所得税的项目如下：
1、取得的符合《财政部 国家税务总局关于财政性资金 行政事业性收费 政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》(财税[2008]151号)和《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》(财税[2009]87号)规定的财政性资金收入;
2、非营利性医疗机构取得的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益;
3、非营利性医疗机构取得非营利组织免税资格认定后，对符合条件的非营利组织收入可以享受免税收入的优惠政策(《财政部 国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》(财税[2009]122号)。具体范围如下：
(1)接受其他单位或者个人捐赠的收入;
(2) 除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入;
(3) 按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费;
(4)不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入;
(5) 财政部、国家税务总局规定的其他收入。
4、财政部、国家税务总局规定的其他免税收入。
医疗机构应将与上述免税收入的有关文件资料和证明材料，报主管税务机关核实备案。未经税务机关备案的，一律不得享受免征企业所得税优惠政策。
经认定为非营利组织的非营利性医疗机构除享受非营利组织企业所得税税收优惠外，还可以享受《企业所得税法》及其实施条例等税收规范性文件规定的其他税收优惠政策。
有生产经营所得和其他所得的医疗机构，应按照《税收征收管理法》等的规定，按期进行纳税申报并使用税务发票，按规定可使用财政收据的除外。
案例：某非营利性医疗机构08年取得捐赠收入50万元，财政拨款100万元，房屋租赁收入30万元，财产转让收入50万元，培训收入10万元。以上各项收入哪些应作为应纳税所得额?
分析：非营利性医疗机构取得财税[2009]122号文件规定的各项收入可以作为免税收入不征营业税。捐赠收入50万元、财政拨款100万元属于此类，免征企业所得税。
《企业所得税法实施条例》第八十五条规定，企业所得税法所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。上述房屋租赁收入30万元，财产转让收入50万元，培训收入10万元属于营利性活动取得的收入，应作为应纳税所得额。
个人所得税
(一)个人经政府有关部门批准，取得执照，以门诊部、诊所、卫生所(室)、卫生院、医院等医疗机构形式从事疾病诊断、治疗及售药等服务活动，应当以该医疗机构取得的所得，作为个人的应纳税所得，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目缴纳个人所得税。