依据我国相关法律的规定，如果二甲医院是具有相应资质的，出具的证明是有效的，可以作为请求赔偿或者认定责任的证据。
《道路交通事故处理程序规定》
第三十一条 道路交通事故造成人员死亡的，应当经急救、医疗人员或者法医确认，并由具备资质的医疗机构出具死亡证明。尸体应当存放在殡葬服务单位或者医疗机构等有停尸条件的场所。
伤残是指因道路交通事故损伤所致的人体残疾。包括：精神的、生理功能的和解剖结构的异常及其导致的生活、工作和社会活动能力不同程度丧失。根据道路交通事故受伤人员的伤残状况，将受伤人员伤残程度划分为10级，从第I级(100%)到第X级(10%)，每级相差10%。
1、被评定人应携带加盖办案单位公章和办案人签字的伤残评定申请书;
2、携带县级以上医院的诊断证明，检查结果以及损伤初期和治疗终结后的CT、X片及诊断报告;
3、从治疗医院借阅有关手术病历和检查记录;
4、对被抚养人的劳动能力进行评定时，还应携带评定人的身份证及户籍证明和有关政府部门的说明;
5、评定时应以事故直接所致的损伤或确定的并发症治疗终结为准，对治疗尚未终结，因调解需要提供赔偿依据的，在申请书中说明;
6、评定者需要亲自接受检查并缴纳规定的评定费用。
公安部《程序规定》第四十条第二款：当事人因交通事故致残的，在治疗终结后，应当由具有资格的伤残鉴定机构评定伤残等级。具有资格的检验、鉴定、评估机构应当向省级人民政府公安交通管理部门备案，公安交通管理部门可以向当事人介绍符合条件的检验、鉴定、评估机构由当事人自行选择。
由此看出伤残鉴定的时间是在治疗终结，应有出院诊断证明。应向公安交通管理部门提出申请，由公安部门推荐鉴定机构由当事人自行选择。