杭州公路超限运输许可办理是不收费的，不需要费用。
《中华人民共和国公路法》
第五十条 超过公路、公路桥梁、公路隧道或者汽车渡船的限载、限高、限宽、限长标准的车辆，不得在有限定标准的公路、公路桥梁上或者公路隧道内行驶，不得使用汽车渡船。超过公路或者公路桥梁限载标准确需行驶的，必须经县级以上地方人民政府交通主管部门批准，并按要求采取有效的防护措施;影响交通安全的，还应当经同级公安机关批准;运载不可解体的超限物品的，应当按照指定的时间、路线、时速行驶，并悬挂明显标志。运输单位不能按照前款规定采取防护措施的，由交通主管部门帮助其采取防护措施，所需费用由运输单位承担。
国务院《公路安全保护条例》
第三十五条 车辆载运不可解体物品，车货总体的外廓尺寸或者总质量超过公路、公路桥梁、公路隧道的限载、限高、限宽、限长标准，确需在公路、公路桥梁、公路隧道行驶的，从事运输的单位和个人应当向公路管理机构申请公路超限运输许可。
《超限运输车辆行驶公路管理规定》(交通运输部令2016年第62号)
第八条 大件运输车辆行驶公路前，承运人应当按照下列规定向公路管理机构申请公路超限运输许可： (一)跨省、自治区、直辖市进行运输的，向起运地省级公路管理机构递交申请书，申请机关需要列明超限运输途径公路沿线各省级公路管理机构，由起运地省级公路管理机构统一受理并组织协调沿线各省级公路管理机构联合审批，必要时可由交通运输部统一组织协调处理; (二)在省、自治区范围内跨设区的市进行运输的，或者在直辖市范围内内跨区、县进行运输的，向该省级公路管理机构提出申请，由其受理并审批; (三)在设区的市范围内跨区、县进行运输的，向该市级公路管理机构提出申请，由其受理并审批;(四)在区、县范围内进行运输的，向该县级公路管理机构提出申请，由其受理并审批。 第十条申请公路超限运输许可的，承运人应当提交下列材料： (一)公路超限运输申请表，主要内容包括货物的名称、外廓尺寸和质量，车辆的厂牌型号、整备质量、轴数、轴距和轮胎数，载货时车货总体的外廓尺寸、总质量、各车轴轴荷，拟运输的起讫点、通行线路和行驶时间; (二)承运人的道路运输经营许可证，经办人的身份证件和授权委托书; (三)车辆行驶证或者临时行驶车号牌。车货总高度从地面算起超过4.5米，或者总宽度超过3.75米，或者总长度超过28米，或者总质量超过100000千克，以及其他可能严重影响公路完好、安全、畅通情形的，还应当提交记录载货时车货总体外廓尺寸信息的轮廓图和护送方案。护送方案应当包含护送车辆配置方案、护送人员配备方案、护送路线情况说明、护送操作细则、异常情况处理等。
《浙江省公路路政管理条例》
第三十条 因运输不可解体的物品，确需超过规定最高限值行驶的，应当事先经公路管理机构批准。经批准的超限运输车辆应当按照指定的时间、路线、速度行驶，并悬挂明显标志。 第三十二条本节规定的公路管理机构的许可权限如下：(一)跨省、设区的市运输的，由省公路管理机构审批;(二)跨县、区运输的，由设区的市公路管理机构审批;(三)县、区内运输的，由县级公路管理机构审批。