依据我国相关法律的规定，法院工作人员的违法所得不一定是上缴国库，如果属于受害人的，要进行退赔，没有受害人的，才上缴国库。
《中华人民共和国刑法》
第六十四条 【犯罪物品的处理】犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔;对被害人的合法财产，应当及时返还;违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
(1)申请的提出：应由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院，向对应的中级法院提出没收违法所得的申请。如被告人系在审理过程中死亡的，原审理法院也可受理申请。
(2)法院审查、受理：法院对没收违法所得的申请，应在7日内审查完毕，决定是否受理。决定受理的，应在十五日内发出公告，公告期为六个月。公告范围：应在全国公开发行的报纸或法院的官方网站予以刊登，并在法院公告栏张贴、公示。如法院已掌握犯罪嫌疑人、被告人近亲属和其他利害关系人的联系方式的，应直接告知并记录在案。
(3)犯罪嫌疑人、被告人近亲属、其他利害关系人参加诉讼。上述人等应在公告期内申请参加诉讼，可以委托代理人。其他厉害关系人是指对申请没收的财产主张所有权的人。
(4)审理。公告期满后，法院应组成合议庭进行审理。根据不同情况，法院会作出没收或驳回申请的裁定。
(5)终止审理情形：在审理没收违法所得过程中，犯罪嫌疑人或被告人归案的，应当终止审理。
(6)不服没收或驳回申请裁定的救济：a、对没收财产的裁定不服的，犯罪嫌疑人、被告人近亲属或其他利害关系人可以在收到裁定书之日起五日内提起上诉;检察院对驳回申请的裁定不服的，也可以在五日内提出抗诉。
b、没收违法所得的裁定生效后，犯罪嫌疑人或被告人到案并提出异议的，法院应视情形不同分别处理：原裁定正确的，予以维持;原裁定确有错误的，应撤销原裁定，对涉案财产一并作出处理。
c、依照审判监督程序予以纠正已生效的没收违法所得裁定。