他们在犯罪的主体、对象、犯罪的手段、犯罪的故意等方面有相同之处。其主要区别在于：(1)本罪属于危害军事利益的犯罪，而后几种罪是危害公共安全的犯罪；(2)本罪破坏的对象只限于军事设施，而后几种罪破坏的对象不限于军事设施。因此，凡是行为人，故意破坏军事设施，即使客观上也危害公共安全，仍应以破坏军事设施罪论处。
本罪是一种比故意毁坏公私财物罪的危害大得多的犯罪。它的严重性不仅仅在于被破坏的武器装备、军事设施、军事通信的财产价值，而是在于这种破坏行为能够使武器装备丧失其应有的效能，从而严重影响我军的战备和战斗能力。其主要区别是：(1)侵犯的客体不同。本罪侵犯的客体是与武器装备的使用能力相联系的军事利益，而后者侵犯的客体是公私财物的所有权；(2)本罪破坏的是特定对象，即武器装备、军事设施、军事通信，后者破坏的对象，是各种公私财物。据此，非军职人员破坏武器装备、军事设施、军事通信以外的一般财物，如生活用品、办公设备等，或者破坏武器装备、军事设施、军事通信的局部，并不影响其使用的，应依故意毁坏财物论处。
当前，因盗窃财物造成武器装备、军事设施、军事通信被破坏的现象比较普遍，这类犯罪属于牵连犯。在认定时，首先要根据因盗窃所破坏的武器装备、军事设施、军事通信的重要程度、犯罪情节、所盗物品的价值，分别确定破坏武器装备、军事设施、军事通信罪与盗窃罪应当适用的法定刑，然后按照重罪吸收轻罪的原则定罪处罚。
用放火、爆炸等危险方法破坏武器装备、军事设施、军事通信，属于牵连犯，应按照重罪吸收轻罪的原则，以放火罪、爆炸罪定罪处罚。